De meest voorkomende bijwerkingen van Wegovy zijn misselijkheid, braken, diarree, obstipatie, buikpijn, hoofdpijn, duizeligheid, vermoeidheid, smaakveranderingen, algeheel gevoel van onwelzijn, en reacties op de injectieplaats. Deze bijwerkingen verdwijnen meestal binnen enkele weken en zijn meestal mild.
Pancreatitis, galblaasziekte, en nierproblemen zijn enkele ernstigere bijwerkingen die kunnen voorkomen, maar deze zijn zeldzaam.